Pero el mayor y más raro y admirable milagro de todos es el de las sagradas llagas que el Señor que en el cuerpo de este gran prodigio celestial imprimió, para que no solamente su purísima alma, sino también su cuerpo fuese un vivo y perfecto retrato de Jesucristo. La historia como pasó cuenta San Buenaventura de esta manera. Dos años ántes que muriese el santo padre se recogió al monte de Alvernia (que es en la provincia de Toscana) para darse más a la oración y ayunar como solía la cuaresma de San Miguel. Regalóle aquella vez el Señor, é ilustróle extraordinariamente, y revelóle que abriese el libro de los Evangelios, porque allí le diría lo que pensaba obrar en él y por él. En cumplimiento de lo que Dios le mandaba hecha primero oración, tomó del altar el libro de los Evangelios, y díjole á un su compañero, varon perfecto y santo, que le abriese tres veces; abrióle, y todas tres veces hallaron la historia de la pasión del Señor...
Vino el día de la fiesta de la Exaltacion de la santa cruz, que es á 14 de setiembre, y estando orando... vió que bajaba del cielo un serafin con seis alas encendidas y resplandecientes, y con un vuelo muy ligero se ponía en el aire cerca de donde estaba, y entre las alas le apareció un hombre crucificado...
En esta visión se imprimieron en las manos, piés y costado del seráfico padre las llagas de la misma figura que él las habia visto en aquel serafin. Quedaron unos como clavos de carne dura, cuyas cabezas eran redondas y negras, y en las manos se echaban de ver en las palmas y en los piés por la parte alta del empeine. Las puntas eran largas y excedían á la demás carne, y estaban retorcidas y como redobladas con martillo. La llaga del costado derecho era como una cicatriz colorada, de la cual manaba muchas veces tanta sangre, que bañaba la túnica y los zaragüelles del santo; el cual quedó tan favorecido del Señor con estas sagradas llagas, que parecía un vivo retrato suyo...
Para esto luego que recibió las sagradas llagas tuvo muy récias y dolorosas enfermedades, que le consumieron de tal manera, que no le quedó sino el pellejo y los huesos, y más parecía un retrato vivo de la muerte que un hombre con vida.
...dió el alma al Criador, un sábado á puesta del sol, á 4 de octubre, año del Señor de 1226, á los veinte su conversión y cuarenta y cinco de su edad.